La MFR d'Anneyron a été créée en 1941, soit uniquement six ans après la première maison familiale dans le Lot-et-Garonne. Son but initial correspondait à l'idée du mouvement naissant : permettre aux jeunes issus du milieu agricole de la Valloire, de bénéficier d'un enseignement général et technique tout en continuant à travailler dans l'exploitation familiale.
A l'origine, la MFR d'Anneyron ne comptait que dix élèves et c'est le curé du village qui dispensait les cours d'enseignement général, tandis que la partie technique était assurée par des intervenants du milieu professionnel.
En 1970, elle comptait trois classes, une quarantaine d'élèves, un directeur, trois formateurs, une secrétaire et une maîtresse de maison.
Dans les années 1990, suite à la spécialisation des exploitations dans les productions végétales, la maison familiale abandonne progressivement les formations en élevage pour se consacrer aux productions fruitières. Après une période difficile au milieu des années 90, la MFR réussit à remonter la pente sous l'impulsion du directeur de l'époque, Alain Genthon, et de son président, Michel Fombonne, (tous deux ne sont plus en poste aujourd'hui), et de son conseil d'administration. La maison familiale dépasse alors la barre des 140 élèves, développe la formation pour adultes et se fixe un objectif de qualité, en ce qui concerne l'accueil et le suivi des élèves, les contenus pédagogiques, la gestion, la communication interne et les relations avec le secteur professionnel.
Le 8 décembre 2001, la MFR d'Anneyron célébrait son soixantième anniversaire et inaugurait ses nouveaux locaux (bâtiments administratifs, rénovation des salles de classe, et modernisation du réfectoire)
